在這段日子裡,伽利略遇到了馬奎斯(Marquis Guidobaldo del Monte)。馬奎斯是位富有的業餘工程師,亦是許多科學及哲學研究的贊助者。他對伽利略的鐘擺理論和著作都十分欣賞,他曾推薦伽利略到帕度亞(Padua)大學擔任教授,可惜不成功。但不久,傳出了比薩大學數學系教授空缺的消息,馬奎斯就向學校力薦伽利略。
一六零九年七月,荷蘭一位叫漢斯•利柏黑(Hans Lipperhey)的鏡片製造商發明了望遠鏡,義大利亦有進口的望遠鏡,但那些望遠鏡的解像力很差,而且放大倍數有限。伽利略認為這玩意對科學有很大作用,於是著手設計了自創的望遠鏡,並成功改進了望遠鏡的放大倍數和解像度。由於他希望前往更大的大學繼續他的研究,他就將這新發明賣給佛羅倫斯的統治者—科西摩大公(Grand Duke Cosimo),以要求在那裡做研究工作。
九年後,伽利略完成這本巨著:《兩大世界體系的對話》(Dialogues Concerning the Two Chief World Systems)。由於書中亦提到支持哥白尼的觀點,他再被喚到羅馬接受審判。他被拘禁在佛羅倫斯附近的一間小屋裡,限制他的出外,而他所出版的書亦被禁。
一六二四年至一六二七年間,伽利略完成《新科學對話》(Two New Sciences)一書,記敘了物體的運動和物質的性質,這本書啟發了後來的科學家的研究方法。但由於羅馬當局禁止他的書出版,伽利略唯有祕密地靠朋友到荷蘭進行出版的工作。在一六三八年,這本書終於面世。但在早一年,一六三七年,伽利略雙眼不幸受到感染,最後終於失明。