7月16日,薩爾瓦多空軍再度出擊,卻因機場航管不當,導致飛機擦撞,從而使機場運作停擺。同時,薩爾瓦多地面部隊得到補給,持續挺進。宏都拉斯則徵召1000多名退伍士兵組成榮譽衛隊營(Guardia de Honor Battalion),以運輸機載往前線抵抗薩國部隊,並以10架護航戰機騷擾敵軍。如此持續至薩軍佔領聖塔·羅莎·科潘(Santa Rosa de Copan)後,榮譽衛隊營才撤離。
這場戰爭導致中美洲共同市場停擺12年,這是個由美國大力推動的區域整合計畫,以作為對抗古巴革命影響的工具。
兩國軍方的政治影響力大幅增加。戰爭之後的薩爾瓦多國會選舉,國家調解黨(Partido de Conciliación Nacional,簡稱PCN)自軍方陣營裡成立。由於他們為軍事衝突扮演的角色道歉,而成功囊括了全國與地方選舉。