3.羅馬宗教裁判所,即今日聖座信理部(Congregatio pro Doctrina Fidei)前身,成立於1542年。
在宗教裁判所成立之前,教會反對異端的任務通常由主教調查,並交由世俗法庭予以制裁。第三屆拉特朗大公會議(1179年)開始對此進行立法,成為後來十字軍對阿爾比派(Albigenses)鎮壓的法律依據。1224年皇帝腓特烈二世對異端執行了火刑,後額我略九世對此蕭規曹隨。
佩德羅·貝魯格特(Pedro Berruguete)所繪宗教裁判大會(Auto da fe)的場景:高臺上頭頂有光環之主持者為聖道明於1478年由西班牙伊莎貝拉女王(Isabella)要求教宗思道四世准許成立,用以維護天主教的正統性,以殘酷手段懲罰異端,教宗思道四世雖曾指責,但教廷始終沒有禁止此種行為。直至19世紀初始取消西班牙宗教裁判所,但從1483年至1820年期間共有38萬人被裁定成異端,被火刑處死的人達10萬。