本作的魅力除了畫面、音樂等點綴，不可缺少的是扣人心弦的物語，先撇開“重大發表”這件事，來瞭解一下作品的故事設定吧。本作分三個篇章，故事的起始舞臺設立在了獨立小國利貝爾，在錯綜複雜的時代裡，活潑可愛且粗枝大葉的主人公艾斯蒂爾與擁有漆黑頭髮、琥珀色眸子的約修亞迎接了測試並順利通過成為遊擊士，之後兩人展開了充滿各種要素的冒險旅程。途中會遇到各種個性鮮明的人物，他們也會陪同主角一同踏上冒險的旅途，迎接種種考驗。其第三篇章「空之軌跡 the 3rd」的主角換成了神父凱文以及修女莉絲，其中含有對於第二篇章結束後各角色的一些經歷，而且故事也與9月30日推出的第7作「零之軌跡」有關聯。遊戲中隨時都有意想不到的劇情等著玩家，使人不由得沉浸其中。
