關東興兵
討平令旨陸陸續續到達在各地蟄伏的源氏,其中一人即為河內源氏的源賴朝。在伊豆蟄居的源賴朝與北條時政合謀,祕密糾結伊豆、相模、武藏的源氏勢力,於8月17日襲殺平家在伊豆的監管山木兼隆。之後源賴朝轉往相模,於石橋山遭遇大庭景親等平家追討大軍的夾擊,慘敗而逃。石橋山之戰初嚐大敗的源賴朝輾轉逃往安房,途中在海上與三浦半島豪族坂東平氏的三浦義澄等會合。抵達安房後,源賴朝除了得到官吏階級(在庁官人)的支持外,上總的千葉常胤、武藏的足立遠元、畠山重忠等平家或藤原氏地方豪族,由於當時武士身份的領地不甚穩定,為了更進一步鞏固武士階級的權力與利益也陸續加入,源賴朝的勢力迅速壯大。10月6日,源賴朝入駐過去也是河內源氏祖先經略之地的鎌倉。此時,源賴朝已實質控有關東南部。在關東的另一方面,甲斐源氏的源信義(又稱武田信義)亦在收到令旨後興兵討平。
關東亂起不久,平家即派遣平維盛、平忠度、平知盛等前往征討。平家東征軍兵發東海道,10月18日於駿河富士川和源賴朝、武田信義聯軍對峙。然而關東聯軍以逸待勞已久,平家東征軍則兵疲馬困,武田軍趁機發動夜襲,平家軍未戰先敗、望風而逃。平家軍退去後,源賴朝等決定以經營關東為優先,未加追擊,退回鎌倉。值得一提的是,富士川之戰得勝後,源賴朝在黃瀨川陣地與前來馳援的九弟源義經於失散多年後再次相會,此後的作戰主要由源義經負責執行,源賴朝則在後方運籌。
在關東經略上,對內,為了有效統御龐大的武士集團,源賴朝創立了侍所,命和田義盛和梶原景時負責掌控。對外,源賴朝則積極收服、鏟除關東地區同為源氏的志田義廣、新田義重、佐竹氏與藤姓藤原氏的足利忠綱等反抗勢力,並鞏固己方武士集團的權益。
源氏蠭起
除了關東之外,各地接獲令旨的源氏勢力也一一興兵響應。例如土佐的源希義、河內石川的源義基與源義兼父子、美濃的土岐氏、近江的佐佐木氏、山本義經、熊野的湛増、伊予的河野氏、肥後的菊池氏等,此外,在若狹、越前、加賀也有官吏階級起事。
1180年9月,信濃的源義仲(又稱木曾義仲,源賴朝的堂弟)誓師,迅速席捲信濃、越後。之後曾一度進兵至上野,但由於和源賴朝家族間有殺父之讎的嫌隙,所以不選擇與源賴朝會合,而是向北轉進,平定北陸,並擁立以仁王之子北陸宮,儼然是和源賴朝競爭的一股強大勢力。
平清盛病故
在近畿方面,以寺廟、神社為中心的反平勢力也如火焰般蔓延,平家強力鎮壓。1180年12月,平重衡燒毀東大寺、興福寺,更刺激了寺社的反抗。1181年1月,紀伊的熊野三山勢力起事,在伊勢、志摩等地和平家交戰。(熊野海賊菜切攻め)。
1181年閏2月,正在規劃新體制及鎮壓作戰的平清盛身染熱病,於九條河原口的平盛國宅邸逝世,平家驟失龍首。4月平重衡率領大軍東征,於墨俁川大敗源行家,史稱墨俁川之戰。之後平家軍一度追擊到三河,但因源氏援軍抵達,攻勢才因而中斷。
木曾義仲上洛
1183年4月,平維盛、平通盛受命征剿木曾義仲勢力。平家軍陸續擊破越前、加賀等地,同年5月於加賀、越中國界的俱利伽羅峠與木曾軍對峙,但為木曾軍所破。
俱利伽羅峠之戰後木曾軍舉北陸宮旗號,向京都推進。源行家、源行綱(又稱多田行綱)、源義定(又稱安田義定)等多路進擊,突破平家的京都防衛線。7月,平宗盛等挾安德天皇及三神器棄都西逃,木曾軍進入京都。雖然一開始木曾軍受到後白河法皇乃至貴族、庶民的熱烈歡迎,但由於先前養和大飢饉的影響,軍糧不足的木曾軍卻開始大肆掠奪,軍紀敗壞,人心遂望源賴朝能進京平亂。
9月,木曾軍繼續追擊平家,兵發山陽道。閏10月,木曾軍於備中水島為平重衡所敗,史稱水島之戰。之後木曾軍連喫敗戰,退回京都。